保顿足球会成立于1874年，是英格兰足球联赛始创球会之一。保顿在上世纪二十年代曾三夺足总杯冠军，但至上世纪七十至九十年代中，球队大部份时间在低组别的联赛浮沉。1995年保顿首次升上英超，之后数年在英超与英甲之间浮沉，为九十年代英格兰联赛其中一支“升降机”球队。在领队艾拿泰斯带领下，保顿于2001年再次升上英超，之后渐在英超站稳，更两次取得参加欧洲赛的资格。2007年，带领保顿八年的领队艾拿泰斯离开，保顿亦因为球员老化问题，成绩开始滑落，多个球季都要为护级而战。至2011年至2012年球季，保顿只得英超第十八名，护级失败，于2012年至2013年球季开始在英冠联赛角逐。
保顿降落英冠后，数季只在联赛榜中下游位置。2015/16年度英冠联赛，保顿长期位于榜末，护级形势相当恶劣。在2016年4月9日，保顿以1-4败给打比郡后，提早五轮联赛宣告护级失败，来届降至英甲。保顿降班后首个球季在英甲取得联赛亚军，2017/18年度球季返回英冠。
2017/18年度球季，保顿在最后一场联赛凭比赛最后五分钟连入两球，以3-2反胜诺定咸森林，取得联赛第二十一名，仅仅保住英冠席位。在2018/19年度球季，保顿面对严重财务问题，季中虽还清欠前班主的债项而避过被接管，但严峻的财务问题已影响球会营运及成绩。2019年4月19日，保顿主场以0-2不敌阿士东维拉，提早四周联赛宣告护级失败，之后更因会方拖欠球员两个月薪酬，保顿球员一度拟罢踢本季最后两场联赛，结果保顿球员只罢踢了联赛倒数第二轮对宾福特的比赛以表不满。
2019年5月，在2018/19年度球季结束后，保顿足球会因欠税而被接管，因此在2019/20年度球季开始时保顿被扣12分。暑假期间传出保顿行政职员被拖欠薪金的消息。2019年8月新球季开展，多次比赛保顿只派出平均年龄只有19岁的年青球员作赛，在多场比赛惨败之馀，英格兰足总亦关注为保顿出赛的年青球员福利问题，以至在8月底暂停保顿的比赛。英格兰足总要求保顿在2019年9月12日之前找到新买家，否则球会将会逐出英格兰职业联赛，结果在2019年8月29日新买家Football Ventures (Whites) Ltd入主保顿，令球会能继续在英甲联赛作赛。
2019/20年度英甲联赛，因受新冠肺炎疫情影响，在2020年3月中旬开始暂停，并在2020年6月决定腰斩球季，各球队以停赛前每场比赛的平均得分决定排名。在停赛时位处英甲榜末的保顿，因此成为本季英甲联赛的榜末球队，来季降至英乙作赛。
2020/21年度英乙联赛，完成24轮比赛后，保顿仅仅在联赛榜排名第十七，但是在新任总教练伊恩·伊瓦特的带领之下，下半季保顿有著截然不同的表现。在最后一轮击败克劳利镇后，以联赛第三名的成绩自动升级来季的英甲联赛。